Lembaga Pengampunan dalam kes di Wilayah Persekutuan terdiri daripada enam ahli iaitu Yang di-Pertuan Agong, menteri wilayah persekutuan, peguam negara, dan tiga ahli lain.
Kedudukan utama kabinet termasuk Perdana Menteri Anwar Ibrahim mempunyai kuasa untuk memberi pengampunan, dan oleh itu keputusan Lembaga Pengampunan, adalah budi bicara Yang di-Pertuan Agong.
Dalam kes ini Sultan Pahang Sultan Abdullah Sultan Ahmad Shah yang mempengerusikan mesyuarat Lembaga Pengampunan pada 29 Jan , sehari sebelum tempoh baginda sebagai Yang di-Pertuan Agong berakhir.
Hujah ini berdasarkan Perkara 42(1) Perlembagaan Persekutuan, yang menyatakan bahawa Yang di-Pertuan Agong mempunyai kuasa untuk memberi ampun, tunda hukum dan lega hukum berhubung dengan semua kesalahan yang dilakukan di Wilayah Persekutuan.
Bagaimanapun, bertentangan dengan kedudukan utama kabinet, Menteri Wilayah Persekutuan Dr Zaliha Mustafa yang menganggotai lembaga pengampunan berkata pengurangan hukuman terhadap Najib adalah “keputusan kolektif”.
Bekas ketua pesuruhjaya SPRM Latheefa Koya yang juga seorang peguam pula berhujah bahawa Perlembagaan Persekutuan memerlukan Yang di-Pertuan Agong mengambil nasihat Lembaga Pengampunan.
Ini selaras dengan Perkara 40(1) Perlembagaan Persekutuan yang menyatakan bahawa Agong perlu bertindak atas nasihat eksekutif, katanya.
Sementara itu, Perkara 42(9) menyatakan bahawa sebelum Lembaga Pengampunan memberikan nasihatnya, ia hendaklah mempertimbangkan sebarang pendapat bertulis yang mungkin dikemukakan oleh peguam negara mengenai perkara itu di hadapannya.
Ketidakjelasan dalam hal ini menimbulkan gesaan agar Lembaga Pengampunan mendedahkan sebab-sebab di sebalik keputusannya mengurangkan hukuman terhadap Najib.
Peguam Negara Ahmad Terrirudin Mohd Saleh juga digesa untuk mendedahkan nasihatnya kepada lembaga pengampunan mengenai perkara ini.
Untuk makluman, Zaliha berkata Lembaga Pengampunan membuat keputusan itu secara kolektif . Ditanya jika Lembaga Pengampunan akan memberikan penjelasan di sebalik pengurangan hukuman Najib, Zaliha berkata dia tiada kuasa untuk menjawabnya.
“Apa-apa berkaitan pengampunan adalah daripada pihak lembaga, (saya) tidak boleh cakap lebih dari itu,” katanya.
Misteri dari pengampunan penuh kepada 50% mengundang rasa tidak puas hati dikalangan rakyat. Keadaan ekonomi yang merudum memburukkan lagi keadaan ini.